[搬运工] 巴塞尔报告（第八期，2022年10月30日）
前言
这一期比较短，而且几乎就是BQ.1.1和XBB两家的专场了可以说~所以搬运完之后咱再额外加点料吧。
顺便，上一期请见：《巴塞尔报告（第七期，2022年10月20日）》
第一部分，开场白：BQ.1.1和XBB的演化路径
由于截止目前（2022年10月26日）还没有国家发生大量的BQ.1.1和XBB共流行，所以暂时不能实锤他们哪一家针对当前免疫地形的适应度更高；
不过，BQ.1*和XBB*这两大家族内部的一些演化路径也比较值得讨论（拍老师的画外音：是的，现在BQ.1和XBB都已经扩张成为“大家族”了……）
第二部分，BQ.1：各个子分支纷纷入手增益突变S:R346T和S:Y144del
S:R346T是BQ.1.1相对于BQ.1的特征定义突变，但它现在已经不再是BQ.1.1的专属突变……BQ.1亚谱系的另外两个子分支（BQ.1.9和BQ.1.18）也先后独立获得了S:R346T；
除了S:R346T之外，另一个可以给BQ.1亚谱系骨架带来明显相对增长优势的点突变是S:Y144del。这个缺失突变已经至少独立演化出了十几次。
但由于一些技术细节（比如UCSC Usher没法识别缺失突变），所以暂时没有针对这个突变命名太多的子分支。已命名的子分支里面，只有BQ.1.10和BQ.1.18带有S:Y144del。
S:Y144del和S:R346T有可能具有1+1>2的协同效应。这可能是因为S:Y144del可以有效逃逸那些针对NTD结构域表位的单抗，所以和S:R346T优势互补了。
在BQ.1亚谱系内部，带有S:Y144del突变的毒株相对增长优势大概是每天3%-5%左右，而同时带有S:Y144del和S:R346T突变的毒株相对增长优势则是每天7%-12%左右。
在BQ.1亚谱系以外，现在还有CR.1（BA.5.2.18.1）、BA.4.6.3、CQ.1（BE.4.1.1.1）、CQ.2（BE.4.1.1.2）、BS.1（BA.2.3.2.1）、BJ.1（BA.2.10.1.1）以及XBB等变异株同时带有S:Y144del和S:R346T两个点突变。
第三部分，XBB：各个子分支纷纷入手增益突变S:G252V和S:D253G
XBB.1（特征定义突变为S:G252V和ORF8:G8stop）拥有相对于元祖版XBB的明显增长优势，现在数量上已经占了整个XBB家族的半壁江山。
而XBB.2则毒力获得了S:D253G突变，数量上则占了整个家族的5%左右。
由于这两个子分支先后独立获得了如此相近的两个突变，所以推测这一区域的突变应该代表了明显的正向选择压（拍老师的画外音：同时也可以推测，哪怕突变到XBB这种亲妈不认的造型了，病毒还有大把的突变空间）
第四部分，BQ.1*和XBB：值得关注的子分支
BQ.1.1.11和BQ.1.1.12，额外获得了S:S494P（拍老师的画外音：也就是说再分化一级就又要喜提新的首字母了）；
BQ.1.1.2，额外获得了S:D253G（拍老师的画外音：S:D253G已经成为趋同演化热点突变，XBB、XAY和XAW家族都有子分支获得这个点突变）；
BQ.1.1.9，额外获得了S:S151I；
XBB.1.3，额外获得了S:E484T；
XBB.4，额外获得了S:K444R（拍老师的画外音：八阶大佬诞生！）
XBB.3.1，额外获得了S:Q677R。
第五部分，其他值得关注的子分支
额外获得了S:A475V突变的BN.1子分支，暂未命名；
额外获得了S:T470N的BN.1.2.1子分支，暂未命名（拍老师的画外音：一旦命名就又要喜提新的首字母了）；
新晋七阶高手CH.1.1（即BM.4.1.1.1，或BA.2.75.3.4.1.1.1.1），相对BA.2.75额外抽中了S:R346T、S:K444T、S:L452R和S:F486S四个大奖（拍老师的画外音：之前已经提到过，跑模拟器的结果，CH.1.1免疫逃逸已经超过XBB）；
额外获得了S:G446S的BQ.1.1，暂未命名（拍老师的画外音：又一个八阶大佬……）
以上，本期巴塞尔报告搬运完毕，明显Cornelius小哥！
原文传送门：
https://github.com/neherlab/SARS-CoV-2_variant-reports/blob/main/reports/variant_report_latest_draft.md
第六部分，加点料
巴塞尔报告好归好，就是太枯燥，下面给各位加点料吧……
——改进版的天阶序论，请品鉴：
数据更新于2022年10月25日，跟Cornelius桑的《巴塞尔报告》基本合拍；
相比之前Cov-spectrum版本的排行榜，这个版本基本消除了新发变异株增长优势偏高的偏倚，同时直接忽略掉绝对数量较少的子分支（比如XBB.4）。
——请再品鉴：
然后小圆点的颜色则代表某个子分支相对于BA.5.2.1的增长优势。
第七部分，再加一点料
除了上面提到的各款变异株之外，这里抢跑一个冷门的吧。前段时间香港喜提独家限量款重组株XBD（照惯例，又是咱们这边首先抢跑）
——请品鉴：
简单来说，XBD大致可以看成BA.2.75.2的底子，额外获得了BF.5的S:A1020S和ORF9b:D16G两个增益突变，然后借着重组洗掉了ORF6:D61L这个减益突变。 按照Cov-spectrum的增速排行榜，大致比原版BA.2.75.2快10%左右， 比BF.7快18%左右。 然后呢，最近香港本土病例检出的XBD，已经喜提额外两个刺突蛋白突变S:N188S和S:P1143L……（已经有人第一时间发现并且提交给Pango委员会啦） 最后，香港最新上传的总共78条序列里面，有41条是本土病例序列，其中6条是最新提交的XBD子分支。所以口算一下，6/41≈15%了已经……
以上，搬运完毕。
再次鸣谢Cornelius小哥和Murrell老师！
散会啦~
本人知识星球重新上线：
以及，本人微博（终于）重开
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